“Chiếc hộp đen (Black Box) tuyệt đối không được chạm đến. Thời khắc nó được mở ra, quá khứ bị phong ấn sẽ nổi lên trên mặt biển” Nhằm kết nối các camera an ninh thuộc sở hữu của cảnh sát trên khắp thế giới, một cơ sở hàng hải đã được xây dựng ở vùng biển gần Hachijojima, Tokyo mang tên Pacific Buoy. Để chuẩn bị đi vào vận hành chính thức, các kỹ sư từ khắp nơi trên thế giới đã tập hợp lại để kết nối với mạng lưới Europol do tổ chức cảnh sát châu Âu quản lý. Tại đây cũng đang tiến hành thử nghiệm một "công nghệ mới" áp dụng hệ thống nhận dạng khuôn mặt. Mặt khác, khi cùng Đội thám tử nhí đã đến Hachijojima để đi xem cá voi theo lời mời của Sonoko, Conan đã nhận được một cuộc điện thoại từ Okiya Subaru (Akai Shuichi), nói rằng một nhân viên Europol đã bị Gin giê't ở Đức. Vì cảm thấy bất an, Conan đã thâm nhập vào cơ sở "Pacific Buoy" bằng cách lẻn vào con tàu tuần tra chở Kuroda Hyoe và các thành viên của Sở cảnh sát Tokyo đang hướng tới bảo vệ nơi này. Và ngay trong cơ sở đang đều đặn cho công tác chuẩn bị để đưa hệ thống vào hoạt động này đã xảy ra sự cố một nữ kỹ sư bị bắt cóc bởi tổ chức áo đen...! Không chỉ vậy, chiếc USB có lưu giữ thông tin mà cô ấy mang trong người cũng đã rơi vào tay tổ chức... Âm thanh trục xoắn của máy gầm gừ đầy ghê rợn trong lòng biển. Và ở Hachijojima, một bóng đen cũng đang lén lút tiến lại gần Haibara...