Magano, một thế giới song song với đầy rẫy những con quái vật được gọi là “Kegare”, là nơi mà những người trừ tà giải quyết mọi tạp chất. Benio Adashino là một thần đồng trừ tà, người được công nhận về sức mạnh của mình và được triệu tập đến Tokyo bởi Hiệp hội trừ tà. Trên đường đi, cô rơi vào vòng tay của Rokuro Enmadou, một nhà trừ tà trẻ tuổi với quá khứ rắc rối. Nhưng các tạp chất của Magano không nghỉ. Khi hai nhà trừ tà này chứng kiến một vài đứa trẻ bị Kegare đánh cắp, Benio đã chạy đến cứu chúng, kéo theo Rokuro cùng cô vào Magano. Tham gia vào một cuộc chiến mà cô ấy sắp bị đánh bại, Benio được Rokuro cứu, tiết lộ rằng mình có khả năng trở thành đối thủ của cô ấy về tài năng. Sousei no Onmyouji kể câu chuyện về hai nhà trừ tà tài năng được định mệnh trở thành “Song tinh trừ tà” và cha mẹ được tiên tri của Miko – hóa thân của Abe no Seimei – người sẽ tẩy sạch thế giới của mọi ô uế.