Sakamoto Days xoay quanh Sakamoto Taro, người từng là một sát thủ vô đối, được coi là huyền thoại trong thế giới ngầm. Anh nổi tiếng với tài năng vô song và sự lạnh lùng, khiến cho những kẻ thù hay đồng nghiệp đều phải kính nể. Tuy nhiên, một ngày, anh bất ngờ từ bỏ nghề sát thủ sau khi phải lòng một người phụ nữ, kết hôn và xây dựng gia đình. Với quyết tâm sống một cuộc đời giản dị, Sakamoto đã trở thành chủ của một cửa hàng tiện lợi. Tuy nhiên, cho dù bề ngoài của anh đã thay đổi, nhưng thế giới sát thủ vẫn tiếp tục theo đuổi, và nhiều kẻ cũ muốn kiểm tra xem liệu anh còn giữ vững được sức mạnh hay không. Câu chuyện còn có sự xuất hiện của Shin, một chàng trai trẻ sở hữu khả năng ngoại cảm, trở thành nhân viên của cửa hàng. Với sức mạnh đặc biệt của mình, cũng phải đối mặt với các tình huống nguy hiểm. Cùng nhau, họ bảo vệ cuộc sống bình dị của Sakamoto và gia đình, chống lại những mối đe dọa từ thế giới cũ mà Sakamoto không thể hoàn toàn thoát khỏi.