Samurai Champloo kể về hành trình của bộ ba Fuu, Mugen và Jin đi dọc Nhật Bản để đi tìm “Samurai có mùi hoa hướng dương”. Fuu là một cô hầu bàn được Mugen cứu khỏi lũ giang hồ, sau đó Jin và Mugen đánh nhau tại quán Fuu làm việc và bị lãnh chúa bắt về. Trước lúc tử hình, Fuu đến cứu hai tên kia kịp thời và bắt hai người giao kèo phải hộ tống cô đi tìm samurai có mùi hướng dương. Câu chuyện tiếp theo là hành trình đi quanh Nhật Bản của bộ ba, dừng lại ở nhiều địa danh trong thời kì Edo nhiều biến động.