Câu chuyện đen tối chưa từng được kể của Steins;Gate, nơi nhà khoa học điên lập dị Okabe đang vật lộn để vượt qua mặc cảm tội lỗi vì đã không cứu được Kurisu. Để quên đi quá khứ, anh quyết định buông xuôi tất cả và từ bỏ nhân cách nhà khoa học điên sôi nổi của mình. Khi mọi thứ tưởng chừng như đã trở lại bình thường, đột nhiên anh dường như bị kéo trở lại quá khứ sau khi gặp một người quen của Kurisu, người nói với anh rằng họ đang thử nghiệm một thiết bị có thể lưu trữ kí ức của một người và tạo ra một bản mô phỏng với cá tính và nhân cách người đó. Okabe bắt đầu thử nghiệm và nhận ra rằng mô phỏng Kurisu sẽ chỉ đem lại đau khổ và những bi kịch không ai ngờ đến... Zero là phần ngoại truyện đưa người xem khám phá những sự kiện từ tương lai của Trường Hấp dẫn Beta, những sự kiện đã góp phần tạo nên cái kết của tuyến truyện chính.