Lovely Complex là câu chuyện về 2 học sinh trung học Astushi Otani và Risa Koizumi. Risa bị từ chối bởi 1 gã trai vì cô trông cao hơn anh ta. Otani, một gã thấp bé, bị bạn gái "đá đít" vì anh trông thấp người hơn cô ấy. Hai người dần bị cuốn vào nhau dẫu có chênh lệch về chiều cao. Cả hai bị bạn bè cả trường châm chọc. Dẫu mọi người đều hùa rằng "hai người là cặp đôi hoàn hảo", cả hai đều phủ nhận, chối phăng. Quá chán nản, Koizumi quyết định mở chiến dịch "truy tìm" anh chàng hoàn hảo, nhưng ai biết được, có lẽ lời thiên hạ là đúng..