Kobato là một cô gái hiền lành, dễ thương nhưng lại có cái nhìn rất ngây thơ về thế giới xung quanh mình. Cô có nhiệm vụ làm đầy một chiếc bình thủy tinh bí ẩn bằng trái tim đau khổ của những người đã được cô chữa lành để mong ước được đến nơi mình muốn thành hiện thực. Tuy nhiên, có một điều cấm kỵ là cô không được phép yêu bất kỳ ai trong số những người được cô chữa lành. Đồng hành cùng Kobato là Ioryogi, một vị thần ẩn trong hình dáng một con chó nhồi bông. Vì Ioryogi đang phải gánh chịu một hình phạt cùng với một người bạn từ thế giới linh hồn, ông phải hướng dẫn và giúp đỡ Kobato hoàn thành nhiệm vụ để mình và người bạn của mình có thể trở lại hình dạng ban đầu.