Chào Mừng Tới Lớp Học Biết Tuốt kể về trường cao trung Koudo Ikusei, một ngôi trường danh tiếng với cơ sở vật chất cực kì hiện đại, nơi 100% học sinh sẽ đỗ đại học hoặc tìm được việc làm. Học sinh nơi đây có thể hưởng mọi quyền lợi và tự do cá nhân, như thích để kiểu tóc nào thì để, thích mang đồ dùng cá nhân gì thì cứ mang thoải mái. Nghe cứ như là một trường học thiên đường ý nhỉ? Nhưng sự thật thì các quyền lợi này chỉ dành cho những học sinh cao cấp mà thôi. Nhân vật chính của chúng ta là chàng Ayanokouji Kiyotaka – thành viên của lớp D, là nơi các học sinh “yếu kém” bị đào thải, không ai coi trọng. Vì một lý do nào đó mà anh chàng đã làm bài không tốt trong kì thi đầu vào, kết quả là bị “đá” vào lớp này. Nhưng sau khi gặp hai người bạn cùng lớp Horikita Suzune và Kushida Kikyou, cuộc sống học đường của Kiyotaka dần dần thay đổi sang một chiều hướng hoàn toàn khác.