Bối cảnh của bộ truyện được đặt trong giai đoạn cuối của thời kỳ Muromachi, đây là thời kỳ của các lãnh chúa cát cứ. Theo mong muốn của cha mình, Rantaro đã ghi danh tại Học viện Nhẫn thuật với mục tiêu trở thành một Ninja tài năng. Tuy nhiên, từ lúc nhập trường và kết bạn với Kirimaru và Shinbee, mọi thứ cậu bé làm đều dẫn đến những kết quả trái ý và luôn kết thúc theo xu hướng hài hước không mong muốn. Học viện Nhẫn thuật nơi Rantaro theo học là một ngôi trường nằm ở vùng núi thuộc khu vực Kansai. Vì là trường đào tạo Ninja nên địa điểm của học viện này luôn là điều bí mật (theo như câu chuyện thì là do tác giả bí quá không biết nên đặt học viện ở đâu). Các học sinh theo học được chia làm sáu cấp lớp từ lớp 1 đến lớp 6. Học sinh nam và học sinh nữ được giáo dục riêng biệt tại các ký túc xá riêng biệt. Mặc dù được đặt trong thời kỳ lịch sử có thật nhưng những sự kiện diễn ra trong truyện được lồng ghép nhiều yếu tố hiện đại pha lẫn những màn hài hước vô cùng thú vị.