Câu chuyện của bộ phim xoay quanh chuỗi các sự kiện bí ẩn diễn ra trong cơ thể con người. Trong mỗi cơ thể, có tới 37,2 nghìn tỷ tế bào tồn tại và hoạt động không ngừng. Những tế bào này đều có nhiệm vụ và vai trò riêng biệt như tế bào hồng cầu chuyên vận chuyển oxy, tế bào bạch cầu chống lại các loại vi khuẩn độc hại... Với sự sáng tạo độc đáo, "Khi Các Tế Bào Làm Việc (Phần 2)" mang đến cho khán giả cơ hội khám phá thế giới tuyệt vời của cơ thể con người thông qua con mắt của những tế bào.