Natsume Yuujinchou là câu chuyện kể về Natsume Takashi. Natsume bị mất cha mẹ từ nhỏ và được nuôi dưỡng bởi họ hàng nhưng vì cậu có khả năng đặc biệt là có thể nhìn thấy yêu quái "Yokai" nên cậu thường hay phải chuyển nhà, bị họ hàng xa lánh, bị người khác sợ hãi và đồng thời cậu cũng thu hút nhiều yêu ma quanh mình. Natsume Reiko, bà của Natsume cũng nhìn thấy được yêu quái. Người có thể điều khiển yokai thông qua "Hữu nhân sổ". Ở đây cậu cũng gặp được Natori, một thầy trừ yêu, người rất tốt với cậu và luôn muốn cậu làm "đồng minh" của mình. Cùng những người bạn khác trong số họ cũng có những người biết về yêu quái. Trong lúc đó, cậu lúc nào cũng được bảo vệ bởi một yêu quái hùng mạnh Madara, dưới hình dạng một con mèo may mắn của Nhật. Mục đích của Madara là có được "Hữu nhân sổ" với điều kiện là khi Natsume chết... Và dần dần cậu nhận ra con người của bà mình qua những lần trả tên cho các yêu quái mà Reiko đã thắng được chúng. Và cái chết bí ẩn của bà mình...